Pembangunan perikanan laut dalam di Malaysia secara besar-besaran diilhamkan oleh Perdana Menteri sejak awal 1980-an. Ia dilancarkan secara rasmi pada 1987. Sehingga 2013, kawasan zon ekonomi esklusif ("exclusive economic zone - EEZ") Malaysia merangkumi kawasan seluas 548,800km2, dengan sekitar 46% atau 250,000 km2 terletak di perairan Sarawak, Sabah dan Labuan. Sarawak yang memiliki kawasan zon ekonomi esklusif yang dianggarkan seluas 160,000km2, merupakan yang terbesar.

Pihak Jabatan Perikanan telah melakukan kaji bersama dengan Pusat Pembangunan Perikanan Asia Tenggara yang terletak di Thailand, dan telah berjaya mengenal pasti kawasan-kawasan sumber ikan yang masih belum diterokai terutamanya di luar persisiran pantai Sabah dan Sarawak, di mana sumber tuna dan ikan pelagik lain dipercayai masih belum disentuh.

Perikanan laut dalam telah menyumbang lebih dari 20% dari keseluruhan jumlah ikan laut yang didaratkan di Malaysia, bakinya oleh perikanan persisiran. Pada 2013, perikatan laut dalam dianggarkan menyumbang sekitar 330,000 tan jumlah keseluruhan ikan laut yang didaratkan dari sekitar jumlah keseluruhan 1.5 juta tan. Dari segi nilai, penangkapan ikan dari laut dalam dianggarkan sekitar RM1.7 b berbanding RM7.9b yang dihasilkan dari jumlah keseluruhan pendaratan hasil laut pada tempoh yang sama.

Pada 2013, Perak merupakan negeri terbesar yang menyumbang bagi perikanan laut dalam. Ini diikuti dengan Sarawak dan Kelantan dalam tempoh yang sama.